战后岁月对奥萨苏纳而言格外艰难。缺乏资金支持，无力签下重磅球员，加之俱乐部治理缺乏稳定性，球队一步步沉沦，最终回归业余联赛行列，甚至自身生存都一度岌岌可危。1939 至 1944 年间，奥萨苏纳仍在乙级联赛征战，之后便降级至丙级。在长达五个赛季的漫长时光里，球队始终未能从丙级联赛中突围。

不过，这家红衫俱乐部在本十年末尾终于迎来了一抹曙光。1948/49 赛季，奥萨苏纳在常规赛中与托雷拉韦加体操队展开激烈角逐，最终以联赛头名的身份成功重返乙级联赛。到了下一个赛季，回归乙级的奥萨苏纳表现稳健，以第七名的成绩轻松完成保级。这是球队重返顶级联赛的第一步，而真正的精英之路，仍需再等待四年。