奥萨苏纳以甲级联赛球队的身份迈入新千年。哈维尔・米兰达担任主席、米格尔・安赫尔・洛蒂纳执掌帅印的组合，为球队带来了两次艰难的保级。其中诸多经典瞬间被载入史册：主席在阿诺埃塔球场最后一轮锁定保级后，在拉孔查海滩戏水庆祝；还有澳大利亚球员约翰・阿洛伊西在赛季倒数第二轮的圣马梅斯球场，于加时赛攻入制胜球，确保球队继续留在顶级联赛。

2002 年 5 月，帕奇・伊斯科在选举中击败胡安・曼努埃尔・佩德雷尼奥与米格尔・安赫尔・海梅，当选俱乐部主席。在他执掌俱乐部的十年间，奥萨苏纳达到了前所未有的竞技高度，尽管随着时间推移，其不规范的管理最终危及到俱乐部的生存根基。伊斯科将教鞭托付给哈维尔・阿吉雷 —— 这位教练此前曾带领墨西哥国家队闯入世界杯八分之一决赛。这次任命取得了巨大成功，“巴斯克人”（阿吉雷）开启了长达四个赛季的辉煌执教周期。2004 年 4 月，他带领球队在圣地亚哥・伯纳乌球场 3-0 击败 “银河战舰” 皇家马德里，成为其执教生涯早期最耀眼的夜晚之一。而在随后的赛季中，球队还将书写更重要的篇章。

2005 年 6 月 11 日，奥萨苏纳在文森特・卡尔德隆球场参加队史首场国王杯决赛，1-2 不敌皇家贝蒂斯。

未能捧起冠军奖杯的失望，在数月后因欧联杯资格赛不敌雷恩（客场 1-3、主场 0-0）而雪上加霜。此外，乌拉圭球员巴勃罗・加西亚在那个夏天离队，成为球队的重大损失。然而，凭借萨沃・米洛舍维奇、帕奇・普尼亚尔、塞萨尔・克鲁查加、吕多维克・德尔波特等高水平球员搭建的坚实阵容，再加上拥有国际比赛经验的门将里卡多・洛佩斯、留下深刻印记的中卫卡洛斯・奎利亚尔、中场 exotic 天才哈瓦德・内库南，以及青训营走出的顶级球员劳尔・加西亚的崛起，球队重新振作，继续书写荣耀篇章。

2005/06 赛季堪称奥萨苏纳队史联赛最佳赛季。球队复刻了 1990/91 赛季的第四名成绩，在半程联赛中一直领跑，直到最后一轮仍有争冠希望；在萨达尔球场更是势不可挡，取得了联赛开局九连胜的辉煌战绩。赛季收官战，米洛舍维奇与大卫・洛佩斯的进球帮助球队 2-1 击败瓦伦西亚，队史首次且唯一一次获得欧冠联赛参赛资格。

2005 至 2008 年间，奥萨苏纳迎来三年辉煌岁月：闯入国王杯决赛、联赛第四晋级欧冠、跻身欧联杯半决赛。

这场欧洲顶级赛事的征程十分短暂。哈维尔・阿吉雷转投马德里竞技后，库科・齐甘达接过奥萨苏纳的教鞭。不幸的是，欧冠资格赛抽签中，球队遭遇了拥有范德法特、孔帕尼、德容等球星的汉堡。齐甘达大胆启用纳乔・蒙雷亚尔完成一线队首秀，客场与对手 0-0 战平。尽管卡洛斯・奎利亚尔在萨达尔球场的主场比赛中率先破门，但红衫军团在比赛末段遭遇不公判罚，被对手逼平 1-1，因客场进球劣势告别欧冠梦想。但奥萨苏纳的欧洲之旅并未在这个赛季结束。

2007 年 4 月 5 日，奥萨苏纳在客场 3-0 大胜勒沃库森，顺利晋级欧联杯四分之一决赛。图中为韦博庆祝球队第三粒进球，当晚奎利亚尔与大卫・洛佩斯也分别破门。

红衫军团从失利的打击中恢复过来，创下了俱乐部史上最出色的欧战战绩 —— 这次是在欧联杯赛场。随着球队一路过关斩将，红衫球迷的热情被不断点燃。在通过资格赛和小组赛（其中在帕尔马客场 3-0 大胜成为经典）后，球队闯入淘汰赛阶段：十六强凭借内库南在加时赛最后一分钟的头球绝杀，击败波尔多（客场 0-0、主场 1-0）；八分之一决赛淘汰格拉斯哥流浪者（主场 1-1、客场 1-0）；四分之一决赛客场 3-0 横扫勒沃库森（奎利亚尔、大卫・洛佩斯、韦博进球），回到主场 1-0 取胜，顺利晋级。奥萨苏纳的欧战征程最终止步半决赛：劳尔・加西亚在首回合攻入一球，但塞维利亚在主场完成逆转（客场 0-1、主场 2-0），淘汰了红衫军团。

值得一提的是，凭借该赛季 12 月取得的四连胜联赛战绩和一场欧联杯胜利，奥萨苏纳被国际足球历史和统计联合会（IFFHS）评为 2006 年 12 月的世界最佳俱乐部。

在达到如此巅峰之后，球队很难再回到为保级而战的常规状态。接下来的两个赛季，奥萨苏纳均以微弱优势惊险保级。2008/09 赛季的保级历程尤为戏剧性：齐甘达被解雇后，何塞・安东尼奥・卡马乔接任主教练。联赛仅剩两轮时，红衫军团必须击败巴塞罗那和皇家马德里才能保级。而他们真的做到了：在诺坎普球场凭借潘迪亚尼的进球 1-0 获胜；回到萨达尔球场，胡安弗兰的一记惊天凌空抽射帮助球队 2-1 击败皇家马德里，这一画面成为永恒经典。